Konservasi Indonesia berdiri pada bulan September 2021 sebagai yayasan nasional, untuk melanjutkan rekam jejak Conservation International (CI) Indonesia yang menutup operasional programnya di Indonesia pada bulan April 2022. CI menutup operasional programnya di Indonesia dan selanjutnya berperan menjadi mitra global bagi upaya-upaya pelestarian lingkungan yang dilakukan oleh Konservasi Indonesia. Sebagai mitra utama CI, Konservasi Indonesia melanjutkan rekam jejak yang telah dibangun oleh CI untuk menjaga keberlanjutan manfaat program yang telah berjalan, serta menghasilkan dampak yang lebih luas dalam jangka panjang.