Ekosistem karbon biru  adalah ekosistem lahan basah yang penting untuk menjaga kestabilan iklim dan mengurangi dampak pemanasan global.  

Program ini melakukan pendekatan multi pihak, dari tingkat tapak hingga ke tingkat nasional dan internasional. 

Pada tingkat global, inisiasi kerja sama dikembangkan, khususnya dalam membuka kesempatan pendanaan dan pertukaran informasi, pengembangan alat, metodologi dan pembelajaran antar negara. Pada tingkat nasional dan regional, penguatan kelembagaan dan kebijakan dilakukan untuk mengarusutamakan perlindungan dan pengelolaan ekosistem karbon  biru secara berkelanjutan. Hal ini diimplementasikan dengan mengintegrasikan perencanaan, perlindungan dan pengelolaannya ke dalam rencana kerja sektoral dan rencana pembangunan, baik di tingkat nasional ataupun regional. Sementara itu, pada tingkat tapak, program ini mendorong dan menguatkan kegiatan perlindungan, pengelolaan dan pemulihan ekosistem karbon biru bersama dengan masyarakat, pihak swasta dan para mitra lainnya.